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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性喉頭氣管炎
本病毒為具有封套的線性雙股 DNA 病毒，封套表面有突出的醣蛋白，直徑約195-250nm (含蛋白及封套)，僅有一種血清型。本病毒屬於親脂性的病毒，易被消毒劑不活化，離開宿主後易死亡。
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病毒性關節炎
本病毒為不具封套的雙股RNA病毒，血清型與病原型 (pathotype) 眾多，對熱具抵抗性，於低溫下亦可長期存活；在羽毛、木屑及蛋殼上可存活至少10天，在飼料和飲水中則至少可存活10週且感染力僅輕微下降。主要標的為腸道、踝關節 (tibiotarsal-tarsometatarsal/hock joint) 和肝臟組織。然而本病毒常在健康雞隻的消化道和呼吸道分離到，因此推測來自雞的里奧病毒有80 % 以上是無致病性的，因此診斷時須注意。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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家禽肺病毒感染症/腫頭症候群/火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，不具HA及NA活性，因此可與其他副黏液病毒明顯區分。對大部分消毒劑敏感，於乾燥室溫下可存活七日，於低溫環境可存活更久。主要標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性感染或降低疫苗免疫效果。
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網狀內皮增殖症
經由感染雞隻的分泌物或排泄物污染的環境進行水平傳播，也可經由介蛋傳染或人工授精傳播。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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葡萄球菌症
本菌主要經由皮膚傷口或受損的黏膜侵入體內而感染，而雞隻受到緊迫因子如高溫多濕、通風不良、密飼、營養不平衡或感染其他免疫抑制疾病時，也易感染本病。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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家禽傷寒
主要經由食入被汙染的飼料及飲水所引起，生病雞隻之排泄物、蛋及羽毛皆含有大量細菌。也會因蛋殼汙染而傳播。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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肉毒桿菌毒素中毒症
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，可產生孢子，於自然環境中無所不在，其孢子耐熱、耐光線與耐乾燥，可於厭氧、溫暖 (10-50 °C) 及微鹼性環境下發芽。菌體本身對動物沒有病原性，在動物腸管中亦可存在，但在腸道中並不產生毒素，對動物體無害。本菌產生的毒素有很強的神經毒性，共可分為A-G七種型別，引起家禽中毒的型別主要為C型或C/D型 (mosaic type C/D)。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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慢性呼吸器病
Mycoplasma gallisepticum為血清型A型的家禽黴漿菌，屬於真細菌 (eubacteria)、不具細胞壁、可自行複製的最小原核生物。人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原對外界抵抗性不強，離開禽體即失去活力，對熱及紫外線敏感，在陽光直射下很快失去活力。
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傳染性滑膜炎
Mycoplasma synoviae為血清型S型的家禽黴漿菌，人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原於pH 6.8以下不穩定、對39 ℃以上溫度敏感，能耐受冰凍，但濃度會降低。在室溫下，羽毛上的黴漿菌至多可存活三天，在鼻腔內可存活12小時，但在多數其他材料上存活不會超過1天。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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火雞出血性腸炎
主要經由消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染。
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