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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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傳染性華氏囊病
本病之主要病變在華氏囊，其他臟器之變化依病例而異。主要可見華氏囊腫大、水腫、呈乳脂色，黏膜或漿膜可見出血亦可能見到乾酪物形成，感染後約五日逐漸萎縮。除了華氏囊之病變外，在大腿肌、翼肌及胸肌也常看見線狀或斑狀出血、腺胃黏膜增厚及出血，有些病例可見肝臟、脾臟腫大，腎臟腫大並有尿酸鹽沉積。另外，有時可見盲腸扁桃發生腫大及出血，胸腺、泄殖腔及脂肪組織偶也可見點狀或斑狀出血。
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馬立克病
馬立克病最早由病理學者 Marek 在1907年於匈牙利發表，於1967年被確認由疱疹病毒所引起。目前全世界都有馬立克病的發生，因高度接觸傳染性，一旦進入雞群可能造成極高的感染率。台灣目前病例以急性型馬立克病較多。本病於1日齡雞隻就具有感受性，最早於3週齡就可以發病，但症狀較多見於12-14週齡，發病率5-80 %，死亡率10-80 %。
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雞傳染性貧血
本病可經由水平傳播與垂直傳播。水平傳播可經由糞口途徑及呼吸道，病雞除了由糞便排毒外，亦可經由羽毛毛囊上皮排毒。垂直傳播則為母雞經水平感染或精液感染且尚未產生抗體期間，介蛋傳播給後代，直至母雞產生抗體後則停止垂直傳播，且其移行抗體可保護雛雞。本病毒亦可造成潛伏感染 (laten infection) 。
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病毒性關節炎
本病毒為不具封套的雙股RNA病毒，血清型與病原型 (pathotype) 眾多，對熱具抵抗性，於低溫下亦可長期存活；在羽毛、木屑及蛋殼上可存活至少10天，在飼料和飲水中則至少可存活10週且感染力僅輕微下降。主要標的為腸道、踝關節 (tibiotarsal-tarsometatarsal/hock joint) 和肝臟組織。然而本病毒常在健康雞隻的消化道和呼吸道分離到，因此推測來自雞的里奧病毒有80 % 以上是無致病性的，因此診斷時須注意。
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家禽白血病
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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家禽肺病毒感染症/腫頭症候群/火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，不具HA及NA活性，因此可與其他副黏液病毒明顯區分。對大部分消毒劑敏感，於乾燥室溫下可存活七日，於低溫環境可存活更久。主要標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性感染或降低疫苗免疫效果。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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水禽環狀病毒感染症
本病在水禽主要造成生長及羽毛發育障礙，並侵害宿主的淋巴網狀組織，造成淋巴組織淋巴球流失，導致免疫抑制而使宿主受繼發性感染的機會增加。此外，本病毒可能發生次臨床性的感染 (subclinical infection)，雖然對宿主造成的不良影響很小，但其可造成生長性能降低，仍會造成不小的經濟損失。
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網狀內皮增殖症
經由感染雞隻的分泌物或排泄物污染的環境進行水平傳播，也可經由介蛋傳染或人工授精傳播。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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傳染性可立查
本菌為革蘭氏陰性、無運動性之桿菌。本菌對外界抵抗力弱，對許多消毒劑和外在環境因素很敏感，離開宿主後便迅速不活化。本菌有A、B、C三種血清群 (serogroups)，其中又可再細分為A-1、A-2、A-3、A-4、B-1、C-1、C-2、C3及C-4九種血清型，文獻指出A-1、A-4、C-1、C-2、C3比其餘的血清型有較高的毒力，三種血清群間無交叉保護。
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傳染性滑膜炎
Mycoplasma synoviae為血清型S型的家禽黴漿菌，人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原於pH 6.8以下不穩定、對39 ℃以上溫度敏感，能耐受冰凍，但濃度會降低。在室溫下，羽毛上的黴漿菌至多可存活三天，在鼻腔內可存活12小時，但在多數其他材料上存活不會超過1天。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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火雞出血性腸炎
主要經由消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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