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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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產蛋下降症
本病毒為不具封套的雙股 DNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為68-80 nm，只有一種血清型。本病毒對乙醚、氯仿及酸具有抗性，且對雞、鴨、鵝、火雞、孔雀具血球凝集性，但無法寧及哺乳類動物的血球。
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鴨病毒性肝炎
本病毒屬於具有封套的正向單股 RNA 病毒，直徑約為35-45 nm，具有特殊的反轉錄酶，可反轉錄出 DNA 前病毒插入宿主的基因而造成感染。本病毒可依封套蛋白分為10個亞群，其中 A、B、C、D、E 和 J 可感染雞隻，F、G、H 和 I 亞群可以感染觀賞鳥。其中 E 亞群為內源性病毒，J 亞群為外源性和內源性的重組病毒。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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水禽環狀病毒感染症
本病在水禽主要造成生長及羽毛發育障礙，並侵害宿主的淋巴網狀組織，造成淋巴組織淋巴球流失，導致免疫抑制而使宿主受繼發性感染的機會增加。此外，本病毒可能發生次臨床性的感染 (subclinical infection)，雖然對宿主造成的不良影響很小，但其可造成生長性能降低，仍會造成不小的經濟損失。
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網狀內皮增殖症
經由感染雞隻的分泌物或排泄物污染的環境進行水平傳播，也可經由介蛋傳染或人工授精傳播。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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葡萄球菌症
本菌主要經由皮膚傷口或受損的黏膜侵入體內而感染，而雞隻受到緊迫因子如高溫多濕、通風不良、密飼、營養不平衡或感染其他免疫抑制疾病時，也易感染本病。
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肉毒桿菌毒素中毒症
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，可產生孢子，於自然環境中無所不在，其孢子耐熱、耐光線與耐乾燥，可於厭氧、溫暖 (10-50 °C) 及微鹼性環境下發芽。菌體本身對動物沒有病原性，在動物腸管中亦可存在，但在腸道中並不產生毒素，對動物體無害。本菌產生的毒素有很強的神經毒性，共可分為A-G七種型別，引起家禽中毒的型別主要為C型或C/D型 (mosaic type C/D)。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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鵝出血性腎炎與腸炎
本病在1969年首先在匈牙利發現，當時發生率常與鵝隻被動免疫血清預防水禽小病毒感染症相關，之後在歐洲產鵝肉國家法國、德國、波蘭與羅馬尼亞陸續有病例報告。HNEG之前名為幼鵝病（Young geese disease）或遲發型水禽小病毒症（Late form of Derzsy' s disease），直到2000年時病原才經法國學者鑑定確認為鵝出血性多瘤病毒。鵝隻感染時則呈現伴有高死亡率的急性和持續性感染。
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家禽腎炎
本病毒為不具封套的單股RNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為28~30 nm，對乙醚、氯仿及酸具有抗性，但不耐高溫。
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火雞病毒性肝炎
火雞病毒性肝炎是火雞的急性至亞急性、高傳染性但通常為次臨床的一種疾病。該病最常發生在6週齡以下的小火雞，特徵是肝炎和胰腺炎。該病在美國一些地區較為常見，比如加州。在加拿大、義大利、法國和英國也報導過此病。
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