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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性華氏囊病
本病之主要病變在華氏囊，其他臟器之變化依病例而異。主要可見華氏囊腫大、水腫、呈乳脂色，黏膜或漿膜可見出血亦可能見到乾酪物形成，感染後約五日逐漸萎縮。除了華氏囊之病變外，在大腿肌、翼肌及胸肌也常看見線狀或斑狀出血、腺胃黏膜增厚及出血，有些病例可見肝臟、脾臟腫大，腎臟腫大並有尿酸鹽沉積。另外，有時可見盲腸扁桃發生腫大及出血，胸腺、泄殖腔及脂肪組織偶也可見點狀或斑狀出血。
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馬立克病
馬立克病最早由病理學者 Marek 在1907年於匈牙利發表，於1967年被確認由疱疹病毒所引起。目前全世界都有馬立克病的發生，因高度接觸傳染性，一旦進入雞群可能造成極高的感染率。台灣目前病例以急性型馬立克病較多。本病於1日齡雞隻就具有感受性，最早於3週齡就可以發病，但症狀較多見於12-14週齡，發病率5-80 %，死亡率10-80 %。
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家禽白血病
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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鴨病毒性肝炎
本病毒屬於具有封套的正向單股 RNA 病毒，直徑約為35-45 nm，具有特殊的反轉錄酶，可反轉錄出 DNA 前病毒插入宿主的基因而造成感染。本病毒可依封套蛋白分為10個亞群，其中 A、B、C、D、E 和 J 可感染雞隻，F、G、H 和 I 亞群可以感染觀賞鳥。其中 E 亞群為內源性病毒，J 亞群為外源性和內源性的重組病毒。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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網狀內皮增殖症
經由感染雞隻的分泌物或排泄物污染的環境進行水平傳播，也可經由介蛋傳染或人工授精傳播。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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肉毒桿菌毒素中毒症
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，可產生孢子，於自然環境中無所不在，其孢子耐熱、耐光線與耐乾燥，可於厭氧、溫暖 (10-50 °C) 及微鹼性環境下發芽。菌體本身對動物沒有病原性，在動物腸管中亦可存在，但在腸道中並不產生毒素，對動物體無害。本菌產生的毒素有很強的神經毒性，共可分為A-G七種型別，引起家禽中毒的型別主要為C型或C/D型 (mosaic type C/D)。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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鳥鼻氣管桿菌症
ORT是一種多形性、無運動性、革蘭性陰性的桿狀細菌。在血液培養基上生長緩慢，37℃下培養24~48小時會出現針尖狀灰白色無溶血性之環狀菌落。 由世界各地區之雞和火雞分離出之菌體，經過瓊脂沉降反應(agar gel precipitation, AGP)和ELISA分析，已知ORT至少有18種血清型，然而沒有跡象顯示這些血清型有任何宿主特異性。其中似乎存在具有不同毒力的分離株，ORT菌株的來源和血清類型都與致病性無相關。雞源分離株多數屬於血清A型，火雞分離株的血清型較多，屬於血清A、B、E和D型。僅能從南非和美國的雞和火雞中分離出血清C型。
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鴨源雞桿菌感染症
本菌為革蘭氏陰性球桿菌、兼性厭氧，有兩個生物型，其中具有β溶血性的為Gallibacterium anatis biovar haemolytica，沒有溶血性的為Gallibacterium anatis biovar anatis。自然宿主包括各種禽類，目前可於雞、火雞、鵝、鴨、雉、鷓鴣、牛背鷺身上分離出此菌，其中最適合的宿主為雞。在禽類為一常在菌，可在泄殖腔及呼吸道分離出。感染途徑目前不明，有許多研究指出其可能為伺機感染。
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潰瘍性腸炎
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，呈大型桿狀，形成之菌落為白色、圓形、突起及半透明，可產生孢子，菌體長3～4μm，寬1μm，平直或稍彎，兩端鈍圓，芽孢較菌體小，位於菌體近端，人工培養時，僅少數菌體可形成芽孢。
培養本菌需要豐富營養之培養基，嚴格厭氧。其中最適合之培養基為含0.2%葡萄糖、8%無菌馬血漿和0.5%酵母萃取物的胰蛋白酶磷酸鹽瓊脂；最適生長之pH值為7.2；最適生長溫度為35～42℃。
本菌能形成芽孢，因此對外界環境有很強的抵抗力。芽孢對化學消毒劑及環境變異抵抗力很強。其生長在卵黃培養物中，在-20℃下能存活16年，70℃能存活3小時，80℃可存活1小時，而在100℃時僅能存活3分鐘。腸梭菌在厭氧條件下培養的純培養物具有極高的致病性。
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壞死性腸炎
本病由感染產氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens)製造的毒素所引起。一般在土壤、淡水及正常禽類的腸道和家禽的排遺中可發現產氣莢膜梭菌，所以不認為壞死性腸炎本身是一種傳染性疾病。產氣莢膜芽胞梭菌本為禽類腸道的常在菌叢之一，與複雜的其它菌叢生態共同組成腸道的環境。產氣莢膜梭菌可見於健康家禽的小腸部位，但是並不會致病。通常需要一項或更多之危險因子才會使本菌侵入宿主並存活，這些因子包括不清潔的環境、批次間之污染去除不完全、維生素E及硒缺乏、其他疾病(例如包涵體肝炎、傳染性華氏囊病)、雞隻日齡(與免疫和抵抗力有關)、腸粘膜之障礙(例如球蟲病及其他感染症、飼料) 、腸蠕動降低(飼料、感染症)、腸內菌叢的變化(磺胺劑、抗生素藥劑之使用、飼料添加物)、抗病力低落(環境、營養、緊迫、育種改良、感染病) 、當小腸內環境的條件發生變化時，產氣莢膜梭菌數量會增加，會產生過量毒素導致疾病發生。雞隻體內若具有高毒力或含有高菌量的梭菌菌株則會造成嚴重的感染。
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