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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性華氏囊病
本病之主要病變在華氏囊，其他臟器之變化依病例而異。主要可見華氏囊腫大、水腫、呈乳脂色，黏膜或漿膜可見出血亦可能見到乾酪物形成，感染後約五日逐漸萎縮。除了華氏囊之病變外，在大腿肌、翼肌及胸肌也常看見線狀或斑狀出血、腺胃黏膜增厚及出血，有些病例可見肝臟、脾臟腫大，腎臟腫大並有尿酸鹽沉積。另外，有時可見盲腸扁桃發生腫大及出血，胸腺、泄殖腔及脂肪組織偶也可見點狀或斑狀出血。
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馬立克病
馬立克病最早由病理學者 Marek 在1907年於匈牙利發表，於1967年被確認由疱疹病毒所引起。目前全世界都有馬立克病的發生，因高度接觸傳染性，一旦進入雞群可能造成極高的感染率。台灣目前病例以急性型馬立克病較多。本病於1日齡雞隻就具有感受性，最早於3週齡就可以發病，但症狀較多見於12-14週齡，發病率5-80 %，死亡率10-80 %。
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產蛋下降症
本病毒為不具封套的雙股 DNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為68-80 nm，只有一種血清型。本病毒對乙醚、氯仿及酸具有抗性，且對雞、鴨、鵝、火雞、孔雀具血球凝集性，但無法寧及哺乳類動物的血球。
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雞傳染性貧血
本病可經由水平傳播與垂直傳播。水平傳播可經由糞口途徑及呼吸道，病雞除了由糞便排毒外，亦可經由羽毛毛囊上皮排毒。垂直傳播則為母雞經水平感染或精液感染且尚未產生抗體期間，介蛋傳播給後代，直至母雞產生抗體後則停止垂直傳播，且其移行抗體可保護雛雞。本病毒亦可造成潛伏感染 (laten infection) 。
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鴨病毒性肝炎
本病毒屬於具有封套的正向單股 RNA 病毒，直徑約為35-45 nm，具有特殊的反轉錄酶，可反轉錄出 DNA 前病毒插入宿主的基因而造成感染。本病毒可依封套蛋白分為10個亞群，其中 A、B、C、D、E 和 J 可感染雞隻，F、G、H 和 I 亞群可以感染觀賞鳥。其中 E 亞群為內源性病毒，J 亞群為外源性和內源性的重組病毒。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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水禽環狀病毒感染症
本病在水禽主要造成生長及羽毛發育障礙，並侵害宿主的淋巴網狀組織，造成淋巴組織淋巴球流失，導致免疫抑制而使宿主受繼發性感染的機會增加。此外，本病毒可能發生次臨床性的感染 (subclinical infection)，雖然對宿主造成的不良影響很小，但其可造成生長性能降低，仍會造成不小的經濟損失。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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家禽傷寒
主要經由食入被汙染的飼料及飲水所引起，生病雞隻之排泄物、蛋及羽毛皆含有大量細菌。也會因蛋殼汙染而傳播。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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火雞出血性腸炎
主要經由消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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鵝出血性腎炎與腸炎
本病在1969年首先在匈牙利發現，當時發生率常與鵝隻被動免疫血清預防水禽小病毒感染症相關，之後在歐洲產鵝肉國家法國、德國、波蘭與羅馬尼亞陸續有病例報告。HNEG之前名為幼鵝病（Young geese disease）或遲發型水禽小病毒症（Late form of Derzsy' s disease），直到2000年時病原才經法國學者鑑定確認為鵝出血性多瘤病毒。鵝隻感染時則呈現伴有高死亡率的急性和持續性感染。
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家禽腎炎
本病毒為不具封套的單股RNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為28~30 nm，對乙醚、氯仿及酸具有抗性，但不耐高溫。
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