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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性喉頭氣管炎
本病毒為具有封套的線性雙股 DNA 病毒，封套表面有突出的醣蛋白，直徑約195-250nm (含蛋白及封套)，僅有一種血清型。本病毒屬於親脂性的病毒，易被消毒劑不活化，離開宿主後易死亡。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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傳染性可立查
本菌為革蘭氏陰性、無運動性之桿菌。本菌對外界抵抗力弱，對許多消毒劑和外在環境因素很敏感，離開宿主後便迅速不活化。本菌有A、B、C三種血清群 (serogroups)，其中又可再細分為A-1、A-2、A-3、A-4、B-1、C-1、C-2、C3及C-4九種血清型，文獻指出A-1、A-4、C-1、C-2、C3比其餘的血清型有較高的毒力，三種血清群間無交叉保護。
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慢性呼吸器病
Mycoplasma gallisepticum為血清型A型的家禽黴漿菌，屬於真細菌 (eubacteria)、不具細胞壁、可自行複製的最小原核生物。人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原對外界抵抗性不強，離開禽體即失去活力，對熱及紫外線敏感，在陽光直射下很快失去活力。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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鴨源雞桿菌感染症
本菌為革蘭氏陰性球桿菌、兼性厭氧，有兩個生物型，其中具有β溶血性的為Gallibacterium anatis biovar haemolytica，沒有溶血性的為Gallibacterium anatis biovar anatis。自然宿主包括各種禽類，目前可於雞、火雞、鵝、鴨、雉、鷓鴣、牛背鷺身上分離出此菌，其中最適合的宿主為雞。在禽類為一常在菌，可在泄殖腔及呼吸道分離出。感染途徑目前不明，有許多研究指出其可能為伺機感染。
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火雞博德氏菌病(火雞可利查)
本菌為革蘭氏陰性之桿菌、具運動性、嚴格需氧且有莢膜。本菌對外界抵抗力強，
對低溫、低濕度和中性pH下之環境有抵抗力。在氣溫10°C和32~58%的濕度下，可在排遺和灰塵裡存活25~30天。但對大部分消毒劑和乾燥的環境敏感。
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家禽披衣菌症
本病又稱鸚鵡熱（Psittacosis）或飼鳥病（Ornithosis），病原為鸚鵡披衣菌 (C. psittaci)係一種寄生在細胞內的絕對細胞內寄生菌。披衣菌亦稱壁衣體。本菌之細胞壁含有大量脂肪，因此對脂溶劑及清潔劑敏感。本菌可以血清型特異性單株抗體至少區分成 A-F、M56與WC八個血清型。目前以禽鳥 ompA 基因分型的方法，尚可多檢出E/B基因型。披衣菌在糞便/排遺中與墊料中可存活達30天，但是暴露在紫外線下三分鐘即死亡。
披衣菌可分為三個不同的形式：原生小體、網狀體和中間體。原生小體是細菌的感染形式。它是一個電子緻密的小球狀體，直徑為0.2~0.3μm。其特徵是有一個高電子緻密的類核，位於邊緣並清楚地與電子緻密的細胞質分開。在進入宿主細胞後，原生小體轉變成網狀體，它是細胞內的活性代謝形式。網狀體的直徑約0.5~2.0μm，以二分裂方式繁殖，成熟後為新的原生小體。在這個過程中，可在電子顯微鏡下觀察到直徑約為0.3~1.0μm的中間體。
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