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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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馬立克病
馬立克病最早由病理學者 Marek 在1907年於匈牙利發表，於1967年被確認由疱疹病毒所引起。目前全世界都有馬立克病的發生，因高度接觸傳染性，一旦進入雞群可能造成極高的感染率。台灣目前病例以急性型馬立克病較多。本病於1日齡雞隻就具有感受性，最早於3週齡就可以發病，但症狀較多見於12-14週齡，發病率5-80 %，死亡率10-80 %。
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家禽腦脊髓炎
本病毒為沒有封套的單股 RNA 病毒，大小約為 20-30nm，基因長度為7,032bp。對於氯仿、酸、胰蛋白酶、胃蛋白酶和去氧核醣核酸酶具有抗性，對熱及環境抵抗性都強。對甲醛及 β -丙內酯敏感。
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鴨病毒性肝炎
本病毒屬於具有封套的正向單股 RNA 病毒，直徑約為35-45 nm，具有特殊的反轉錄酶，可反轉錄出 DNA 前病毒插入宿主的基因而造成感染。本病毒可依封套蛋白分為10個亞群，其中 A、B、C、D、E 和 J 可感染雞隻，F、G、H 和 I 亞群可以感染觀賞鳥。其中 E 亞群為內源性病毒，J 亞群為外源性和內源性的重組病毒。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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肉毒桿菌毒素中毒症
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，可產生孢子，於自然環境中無所不在，其孢子耐熱、耐光線與耐乾燥，可於厭氧、溫暖 (10-50 °C) 及微鹼性環境下發芽。菌體本身對動物沒有病原性，在動物腸管中亦可存在，但在腸道中並不產生毒素，對動物體無害。本菌產生的毒素有很強的神經毒性，共可分為A-G七種型別，引起家禽中毒的型別主要為C型或C/D型 (mosaic type C/D)。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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鵝出血性腎炎與腸炎
本病在1969年首先在匈牙利發現，當時發生率常與鵝隻被動免疫血清預防水禽小病毒感染症相關，之後在歐洲產鵝肉國家法國、德國、波蘭與羅馬尼亞陸續有病例報告。HNEG之前名為幼鵝病（Young geese disease）或遲發型水禽小病毒症（Late form of Derzsy' s disease），直到2000年時病原才經法國學者鑑定確認為鵝出血性多瘤病毒。鵝隻感染時則呈現伴有高死亡率的急性和持續性感染。
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鳥鼻氣管桿菌症
ORT是一種多形性、無運動性、革蘭性陰性的桿狀細菌。在血液培養基上生長緩慢，37℃下培養24~48小時會出現針尖狀灰白色無溶血性之環狀菌落。 由世界各地區之雞和火雞分離出之菌體，經過瓊脂沉降反應(agar gel precipitation, AGP)和ELISA分析，已知ORT至少有18種血清型，然而沒有跡象顯示這些血清型有任何宿主特異性。其中似乎存在具有不同毒力的分離株，ORT菌株的來源和血清類型都與致病性無相關。雞源分離株多數屬於血清A型，火雞分離株的血清型較多，屬於血清A、B、E和D型。僅能從南非和美國的雞和火雞中分離出血清C型。
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鴨源雞桿菌感染症
本菌為革蘭氏陰性球桿菌、兼性厭氧，有兩個生物型，其中具有β溶血性的為Gallibacterium anatis biovar haemolytica，沒有溶血性的為Gallibacterium anatis biovar anatis。自然宿主包括各種禽類，目前可於雞、火雞、鵝、鴨、雉、鷓鴣、牛背鷺身上分離出此菌，其中最適合的宿主為雞。在禽類為一常在菌，可在泄殖腔及呼吸道分離出。感染途徑目前不明，有許多研究指出其可能為伺機感染。
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住血原蟲白冠病
本病原為原蟲，主要感染禽類血液及內臟組織的細胞，目前有建議應將住血原蟲胞子屬 (leukocytozoon) 和瘧原蟲屬及血液變形蟲屬等歸入原形蟲科 (Plasmodiidae)。目前本屬至少60多種，除一種感染巴西蜥蜴外，其餘本屬的原蟲僅感染禽類。
其生活史大致區分為感染病媒蚊蟲的芽胞生殖期 (Sporogony)，及感染禽類組織的裂體生殖期 (Schizogony) 又稱無性生殖期 (merogony)，及在白血球或紅血球中的有性生殖期 (gametogony)。
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麴菌症
Aspergillus fumigatus其菌絲直徑3~5 μm，分枝頂端芽胞無色至淡綠色，分枝長可達200~400μm，胞徑可達5~11μm。A. flavus其菌絲直徑8~17 μm，分枝頂端芽胞無色至淡綠色，分枝長可達400~800μm，胞徑可達20~45μm。在組織切片下可以periodic acid-Schiff (PAS)或Gomori’s methenamine silver (GMS)染色，可呈現帶芽胞菌絲。在Sabouraud dextrose agar(SDA)、Czapek yeast agar (CYA)或potato dextrose agar (PDA)，於25∘C下可快速生長。A. fumigatus菌落在成熟期間，可見菌落中心由白色逐漸轉藍綠色，邊緣仍呈現白色菌體，菌落成熟後，菌落中心變為灰綠色。A. flavus其菌落在成熟期間，可見菌落中心由白色逐漸轉轉黃至黃綠色，邊緣仍呈現白色菌體，菌落成熟後，菌落中心變為墨綠色。
麴菌在55℃下仍可發育，而在70℃下仍可生存，在9℃下也可生長。
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BYD病毒感染症
本病毒為具封套的單股正鏈 RNA 病毒，呈球狀結構，直徑約為45~55 nm，基因體大小為10.9 kb。病毒對乙醚、氯仿及酸、熱敏感，對雞、鴨、鵝、鴿及及哺乳類動物紅血球皆不具凝集性。可在鴨胚胎、雞胚胎、鴨胚纖維芽細胞和多種哺乳動物細胞株中繼代。經尿囊腔接種鴨胚後3 ～ 5 日 可造成鴨胚胎致死。病毒感染纖維芽細胞培養可引起明顯的細胞病變，表現為細胞圓縮和脫落。感染細胞單層H & E染色可見細胞破碎，並有大量嗜伊紅色顆粒。
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坦布蘇病毒感染症
2010年春末夏初，中國東部的鴨隻突然出現一種新興疾病，發病突然，傳播迅速，在發病鴨隻以雞胚胎可分離到一種病毒。該病毒與馬來西亞和泰國的蚊源和雞源坦布蘇病毒高度同源(核苷酸序列相似性大於84%)，遂將該病毒鑒定為坦布蘇病毒的一個分離株。
本病在一年四季均可發生，但以夏季和秋季為甚。發病率可高達90％以上，而死亡率通常較低。目前為止，僅在中國報導與坦布蘇病毒感染有關的鴨病。
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維生素A、D3缺乏症
維生素A對光、紫外線及氧很敏感，很容易受破壞；所以飼料添加商品都外覆有澱粉，內含有明膠作為保護基質，並添加有抗氧化劑以加強其穩定性。酸、微量元素及溫度都會加速其分解。
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