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病毒性關節炎
本病毒為不具封套的雙股RNA病毒，血清型與病原型 (pathotype) 眾多，對熱具抵抗性，於低溫下亦可長期存活；在羽毛、木屑及蛋殼上可存活至少10天，在飼料和飲水中則至少可存活10週且感染力僅輕微下降。主要標的為腸道、踝關節 (tibiotarsal-tarsometatarsal/hock joint) 和肝臟組織。然而本病毒常在健康雞隻的消化道和呼吸道分離到，因此推測來自雞的里奧病毒有80 % 以上是無致病性的，因此診斷時須注意。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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葡萄球菌症
本菌主要經由皮膚傷口或受損的黏膜侵入體內而感染，而雞隻受到緊迫因子如高溫多濕、通風不良、密飼、營養不平衡或感染其他免疫抑制疾病時，也易感染本病。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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家禽傷寒
主要經由食入被汙染的飼料及飲水所引起，生病雞隻之排泄物、蛋及羽毛皆含有大量細菌。也會因蛋殼汙染而傳播。
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肉毒桿菌毒素中毒症
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，可產生孢子，於自然環境中無所不在，其孢子耐熱、耐光線與耐乾燥，可於厭氧、溫暖 (10-50 °C) 及微鹼性環境下發芽。菌體本身對動物沒有病原性，在動物腸管中亦可存在，但在腸道中並不產生毒素，對動物體無害。本菌產生的毒素有很強的神經毒性，共可分為A-G七種型別，引起家禽中毒的型別主要為C型或C/D型 (mosaic type C/D)。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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傳染性滑膜炎
Mycoplasma synoviae為血清型S型的家禽黴漿菌，人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原於pH 6.8以下不穩定、對39 ℃以上溫度敏感，能耐受冰凍，但濃度會降低。在室溫下，羽毛上的黴漿菌至多可存活三天，在鼻腔內可存活12小時，但在多數其他材料上存活不會超過1天。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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愛荷華黴漿菌感染症
本病可經水平和垂直傳播，且經感染後可成帶原者。水平傳播很容易透過直接接觸發生，傳播方式與Mycoplasma gallisepticum 相似，但傳播較快。通過呼吸道傳播通常可達100 %感染，但很少甚至不會發生關節病變。被感染之種火雞可經種蛋傳播，通常於感染的最初4-6週經卵傳播率較高。
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鳥鼻氣管桿菌症
ORT是一種多形性、無運動性、革蘭性陰性的桿狀細菌。在血液培養基上生長緩慢，37℃下培養24~48小時會出現針尖狀灰白色無溶血性之環狀菌落。 由世界各地區之雞和火雞分離出之菌體，經過瓊脂沉降反應(agar gel precipitation, AGP)和ELISA分析，已知ORT至少有18種血清型，然而沒有跡象顯示這些血清型有任何宿主特異性。其中似乎存在具有不同毒力的分離株，ORT菌株的來源和血清類型都與致病性無相關。雞源分離株多數屬於血清A型，火雞分離株的血清型較多，屬於血清A、B、E和D型。僅能從南非和美國的雞和火雞中分離出血清C型。
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鴨源雞桿菌感染症
本菌為革蘭氏陰性球桿菌、兼性厭氧，有兩個生物型，其中具有β溶血性的為Gallibacterium anatis biovar haemolytica，沒有溶血性的為Gallibacterium anatis biovar anatis。自然宿主包括各種禽類，目前可於雞、火雞、鵝、鴨、雉、鷓鴣、牛背鷺身上分離出此菌，其中最適合的宿主為雞。在禽類為一常在菌，可在泄殖腔及呼吸道分離出。感染途徑目前不明，有許多研究指出其可能為伺機感染。
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丹毒
緊迫、啄羽毛、寄生蟲感染（尤其是球蟲病）、管理失當及氣候不佳等，皆可能促使發生本病。感染不同血清型，死亡率不一，同一血清型中毒力也可有很大差異。豬丹毒桿菌之毒力因子尚不明確，有研究指出與神經氨酸酶有關。所有的禽類都可以被感染，而火雞似乎最敏感。水禽的病例較為少見，病情在一個禽群中可持續數月，但每次只有一隻或少數禽隻遭受感染。
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家禽結核病
本病的病原是鳥型結核分枝桿菌(鳥型結核菌，禽分枝桿菌，M. avium)是好氧菌，不形成芽孢、無運動性的桿菌，長度約1-3μm。本菌是革蘭氏陽性菌，但是由於細胞壁富含脂質和mycolic acid，所以無法以傳統格蘭氏染色法著色。是一種具高度抵抗力的抗酸性染色桿菌，本菌可抵抗環境中高溫、寒冷、乾燥、酸鹼值的改變，很多的消毒劑皆無法殺滅，並可在土壤中存活數年之久。需藉抗酸性染色法始能觀察，乃石炭酸複紅（carbol fuchsin）經滲透過細胞壁，即使以酸性酒精也無法使其脫色，因具此特色，故稱為抗酸染色。本菌可以在25-45°C下生長，最適培養溫度是39-45°C，添加5-10%二氧化碳。有一些亞種如M. avium subsp. paratuberculosis及sylvaticum需添加mycobactin以利生長。培養基含有全蛋或是蛋黃可培養本菌，形成細小帶灰白色不連續菌落，本菌生長緩慢，需10天到3週的時間培養以形成菌落。其對熱、酸鹼及一般消毒劑抵抗力強。以5%石炭酸或陽光直接曝曬可以殺滅本菌。
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