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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性喉頭氣管炎
本病毒為具有封套的線性雙股 DNA 病毒，封套表面有突出的醣蛋白，直徑約195-250nm (含蛋白及封套)，僅有一種血清型。本病毒屬於親脂性的病毒，易被消毒劑不活化，離開宿主後易死亡。
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馬立克病
馬立克病最早由病理學者 Marek 在1907年於匈牙利發表，於1967年被確認由疱疹病毒所引起。目前全世界都有馬立克病的發生，因高度接觸傳染性，一旦進入雞群可能造成極高的感染率。台灣目前病例以急性型馬立克病較多。本病於1日齡雞隻就具有感受性，最早於3週齡就可以發病，但症狀較多見於12-14週齡，發病率5-80 %，死亡率10-80 %。
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產蛋下降症
本病毒為不具封套的雙股 DNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為68-80 nm，只有一種血清型。本病毒對乙醚、氯仿及酸具有抗性，且對雞、鴨、鵝、火雞、孔雀具血球凝集性，但無法寧及哺乳類動物的血球。
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家禽白血病
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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家禽腦脊髓炎
本病毒為沒有封套的單股 RNA 病毒，大小約為 20-30nm，基因長度為7,032bp。對於氯仿、酸、胰蛋白酶、胃蛋白酶和去氧核醣核酸酶具有抗性，對熱及環境抵抗性都強。對甲醛及 β -丙內酯敏感。
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鴨病毒性肝炎
本病毒屬於具有封套的正向單股 RNA 病毒，直徑約為35-45 nm，具有特殊的反轉錄酶，可反轉錄出 DNA 前病毒插入宿主的基因而造成感染。本病毒可依封套蛋白分為10個亞群，其中 A、B、C、D、E 和 J 可感染雞隻，F、G、H 和 I 亞群可以感染觀賞鳥。其中 E 亞群為內源性病毒，J 亞群為外源性和內源性的重組病毒。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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網狀內皮增殖症
經由感染雞隻的分泌物或排泄物污染的環境進行水平傳播，也可經由介蛋傳染或人工授精傳播。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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家禽傷寒
主要經由食入被汙染的飼料及飲水所引起，生病雞隻之排泄物、蛋及羽毛皆含有大量細菌。也會因蛋殼汙染而傳播。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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火雞出血性腸炎
主要經由消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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鵝出血性腎炎與腸炎
本病在1969年首先在匈牙利發現，當時發生率常與鵝隻被動免疫血清預防水禽小病毒感染症相關，之後在歐洲產鵝肉國家法國、德國、波蘭與羅馬尼亞陸續有病例報告。HNEG之前名為幼鵝病（Young geese disease）或遲發型水禽小病毒症（Late form of Derzsy' s disease），直到2000年時病原才經法國學者鑑定確認為鵝出血性多瘤病毒。鵝隻感染時則呈現伴有高死亡率的急性和持續性感染。
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