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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性喉頭氣管炎
本病毒為具有封套的線性雙股 DNA 病毒，封套表面有突出的醣蛋白，直徑約195-250nm (含蛋白及封套)，僅有一種血清型。本病毒屬於親脂性的病毒，易被消毒劑不活化，離開宿主後易死亡。
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傳染性可立查
本菌為革蘭氏陰性、無運動性之桿菌。本菌對外界抵抗力弱，對許多消毒劑和外在環境因素很敏感，離開宿主後便迅速不活化。本菌有A、B、C三種血清群 (serogroups)，其中又可再細分為A-1、A-2、A-3、A-4、B-1、C-1、C-2、C3及C-4九種血清型，文獻指出A-1、A-4、C-1、C-2、C3比其餘的血清型有較高的毒力，三種血清群間無交叉保護。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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慢性呼吸器病
Mycoplasma gallisepticum為血清型A型的家禽黴漿菌，屬於真細菌 (eubacteria)、不具細胞壁、可自行複製的最小原核生物。人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原對外界抵抗性不強，離開禽體即失去活力，對熱及紫外線敏感，在陽光直射下很快失去活力。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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鳥鼻氣管桿菌症
ORT是一種多形性、無運動性、革蘭性陰性的桿狀細菌。在血液培養基上生長緩慢，37℃下培養24~48小時會出現針尖狀灰白色無溶血性之環狀菌落。 由世界各地區之雞和火雞分離出之菌體，經過瓊脂沉降反應(agar gel precipitation, AGP)和ELISA分析，已知ORT至少有18種血清型，然而沒有跡象顯示這些血清型有任何宿主特異性。其中似乎存在具有不同毒力的分離株，ORT菌株的來源和血清類型都與致病性無相關。雞源分離株多數屬於血清A型，火雞分離株的血清型較多，屬於血清A、B、E和D型。僅能從南非和美國的雞和火雞中分離出血清C型。
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火雞博德氏菌病(火雞可利查)
本菌為革蘭氏陰性之桿菌、具運動性、嚴格需氧且有莢膜。本菌對外界抵抗力強，
對低溫、低濕度和中性pH下之環境有抵抗力。在氣溫10°C和32~58%的濕度下，可在排遺和灰塵裡存活25~30天。但對大部分消毒劑和乾燥的環境敏感。
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