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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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葡萄球菌症
本菌主要經由皮膚傷口或受損的黏膜侵入體內而感染，而雞隻受到緊迫因子如高溫多濕、通風不良、密飼、營養不平衡或感染其他免疫抑制疾病時，也易感染本病。
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家禽傷寒
主要經由食入被汙染的飼料及飲水所引起，生病雞隻之排泄物、蛋及羽毛皆含有大量細菌。也會因蛋殼汙染而傳播。
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鏈球菌症
鏈球菌屬於革蘭氏陽性球菌，顯微鏡下可見單一、成對或是形成短鏈，不具運動性，不形成芽孢，兼性厭氧，觸酶反應陰性，可發酵糖類。
鏈球菌抗原構造較複雜，其中存在於多數鏈球菌的細胞壁中之多糖抗原是鏈球菌分群的依據(Lancefield氏分類法)，目前將鏈球菌分為A~H、K~U19個抗原群，對人類致病者90%屬於A抗原群，本病病原則屬於C抗原群。鏈球菌對外界環境的抵抗力不強，對乾燥、濕熱較敏感，一般常用的消毒劑即可將其殺滅。
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丹毒
緊迫、啄羽毛、寄生蟲感染（尤其是球蟲病）、管理失當及氣候不佳等，皆可能促使發生本病。感染不同血清型，死亡率不一，同一血清型中毒力也可有很大差異。豬丹毒桿菌之毒力因子尚不明確，有研究指出與神經氨酸酶有關。所有的禽類都可以被感染，而火雞似乎最敏感。水禽的病例較為少見，病情在一個禽群中可持續數月，但每次只有一隻或少數禽隻遭受感染。
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家禽披衣菌症
本病又稱鸚鵡熱（Psittacosis）或飼鳥病（Ornithosis），病原為鸚鵡披衣菌 (C. psittaci)係一種寄生在細胞內的絕對細胞內寄生菌。披衣菌亦稱壁衣體。本菌之細胞壁含有大量脂肪，因此對脂溶劑及清潔劑敏感。本菌可以血清型特異性單株抗體至少區分成 A-F、M56與WC八個血清型。目前以禽鳥 ompA 基因分型的方法，尚可多檢出E/B基因型。披衣菌在糞便/排遺中與墊料中可存活達30天，但是暴露在紫外線下三分鐘即死亡。
披衣菌可分為三個不同的形式：原生小體、網狀體和中間體。原生小體是細菌的感染形式。它是一個電子緻密的小球狀體，直徑為0.2~0.3μm。其特徵是有一個高電子緻密的類核，位於邊緣並清楚地與電子緻密的細胞質分開。在進入宿主細胞後，原生小體轉變成網狀體，它是細胞內的活性代謝形式。網狀體的直徑約0.5~2.0μm，以二分裂方式繁殖，成熟後為新的原生小體。在這個過程中，可在電子顯微鏡下觀察到直徑約為0.3~1.0μm的中間體。
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