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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性喉頭氣管炎
本病毒為具有封套的線性雙股 DNA 病毒，封套表面有突出的醣蛋白，直徑約195-250nm (含蛋白及封套)，僅有一種血清型。本病毒屬於親脂性的病毒，易被消毒劑不活化，離開宿主後易死亡。
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家禽肺病毒感染症/腫頭症候群/火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，不具HA及NA活性，因此可與其他副黏液病毒明顯區分。對大部分消毒劑敏感，於乾燥室溫下可存活七日，於低溫環境可存活更久。主要標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性感染或降低疫苗免疫效果。
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傳染性可立查
本菌為革蘭氏陰性、無運動性之桿菌。本菌對外界抵抗力弱，對許多消毒劑和外在環境因素很敏感，離開宿主後便迅速不活化。本菌有A、B、C三種血清群 (serogroups)，其中又可再細分為A-1、A-2、A-3、A-4、B-1、C-1、C-2、C3及C-4九種血清型，文獻指出A-1、A-4、C-1、C-2、C3比其餘的血清型有較高的毒力，三種血清群間無交叉保護。
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慢性呼吸器病
Mycoplasma gallisepticum為血清型A型的家禽黴漿菌，屬於真細菌 (eubacteria)、不具細胞壁、可自行複製的最小原核生物。人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原對外界抵抗性不強，離開禽體即失去活力，對熱及紫外線敏感，在陽光直射下很快失去活力。
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傳染性滑膜炎
Mycoplasma synoviae為血清型S型的家禽黴漿菌，人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原於pH 6.8以下不穩定、對39 ℃以上溫度敏感，能耐受冰凍，但濃度會降低。在室溫下，羽毛上的黴漿菌至多可存活三天，在鼻腔內可存活12小時，但在多數其他材料上存活不會超過1天。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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愛荷華黴漿菌感染症
本病可經水平和垂直傳播，且經感染後可成帶原者。水平傳播很容易透過直接接觸發生，傳播方式與Mycoplasma gallisepticum 相似，但傳播較快。通過呼吸道傳播通常可達100 %感染，但很少甚至不會發生關節病變。被感染之種火雞可經種蛋傳播，通常於感染的最初4-6週經卵傳播率較高。
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火雞博德氏菌病(火雞可利查)
本菌為革蘭氏陰性之桿菌、具運動性、嚴格需氧且有莢膜。本菌對外界抵抗力強，
對低溫、低濕度和中性pH下之環境有抵抗力。在氣溫10°C和32~58%的濕度下，可在排遺和灰塵裡存活25~30天。但對大部分消毒劑和乾燥的環境敏感。
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