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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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家禽白血病
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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家禽腎炎
本病毒為不具封套的單股RNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為28~30 nm，對乙醚、氯仿及酸具有抗性，但不耐高溫。
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火雞冠狀病毒感染症(火雞冠狀病毒性腸炎)
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為60~200 nm，表面有冠狀的棘突，長度約為12~24 nm。在50℃ 下作用1 小時以及1 M 的硫酸鎂處理無法殺滅病毒，但在4℃下經氯仿處理10 分鐘後可將病原不活化。實驗證明由美國明尼蘇達州與加拿大魁北克省所分離出的本病毒株可凝集兔子及天竺鼠的紅血球，但無法凝集牛、馬、綿羊、小鼠、鵝、猴子與雞的紅血球。以穿透式電子顯微鏡檢查火雞冠狀病毒接種感染火雞胚胎的腸管上皮細胞，可見到腸管上皮細胞質內的內質網含有帶封套的病毒顆粒。
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隱胞子蟲病
感染家禽由排遺排出卵囊，污染飼料、飲水及禽舍墊料、飼養籠環境，經口食入後感染。雞在吸入或攝入環境中的卵囊後最易被感染。這種感染造成寄生蟲對泄殖腔、華氏囊和/或呼吸道侵害。卵囊在環境中的高抵抗力可能造成間接感染，卵囊對常見的消毒劑具抵抗力。少量的卵囊即足以引起腸道或呼吸道感染。感染可在禽隻間快速傳播，尤其是在平飼的飼養環境中，健康雞與排遺/糞便或呼吸道分泌物中的卵囊直接觸後而感染。由於貝氏隱胞子蟲(C. baileyi)可感染多種禽類，野禽可能是傳播媒介之一。齧齒動物（小鼠、老鼠）對火雞隱胞子蟲敏感，容易成為生物和/或機械媒介。甲蟲和昆蟲也可能是病原攜帶者。
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黑頭病
黑頭病之傳播常需要有盲腸蟲 (Heterakis gallinarum) 做為媒介，而且盲腸蟲的蟲卵及蚯蚓是病原的攜帶者。寄生於盲腸內的火雞組織滴蟲，被在同一部位共存的盲腸蟲吃下後，隨即到達盲腸蟲之腸內，穿過其腸壁而移行到卵巢，感染盲腸蟲之卵細胞並進行增殖。卵細胞內之火雞組織滴蟲，呈單核圓形其直徑為3~16μm，每個卵細胞含有一至三個火雞組織鞭毛蟲體，此卵細胞發育為蟲卵而被盲腸蟲產出，之後經由排泄至雞排遺中，通常盲腸蟲卵於夏天經十天就會發育成感染期。雞隻因為採食攝入已受含有火雞組織鞭毛蟲之盲腸蟲或蚯蚓而感染，盲腸蟲卵在胃中孵化，幼蟲經小腸到達盲腸，於盲腸中發育成為成蟲，此時在盲腸蟲內的黑頭病原蟲自盲腸蟲幼蟲游離出來，成為潛伏期中具增殖能力的鞭毛蟲，首先感染的部位是盲腸，之後再移行至肝臟。至於組織寄生階段之蟲體形狀接近圓球形且呈嗜伊紅性，不具鞭毛，位於病灶組織周圍或壞死組織中。本病亦不會經由種雞介蛋垂直傳染給小雞。
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住血原蟲白冠病
本病原為原蟲，主要感染禽類血液及內臟組織的細胞，目前有建議應將住血原蟲胞子屬 (leukocytozoon) 和瘧原蟲屬及血液變形蟲屬等歸入原形蟲科 (Plasmodiidae)。目前本屬至少60多種，除一種感染巴西蜥蜴外，其餘本屬的原蟲僅感染禽類。
其生活史大致區分為感染病媒蚊蟲的芽胞生殖期 (Sporogony)，及感染禽類組織的裂體生殖期 (Schizogony) 又稱無性生殖期 (merogony)，及在白血球或紅血球中的有性生殖期 (gametogony)。
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念珠菌症
念珠菌症為一內源性的黴菌病，宿主虛弱或在動物有免疫抑制問題時出現疾病，在長期使用抗菌劑及其他藥物者也容易誘發疾病發生。禽類易經口在嗉囊出現此病，類似人類的鵝口瘡(Thrush)。
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麴菌症
Aspergillus fumigatus其菌絲直徑3~5 μm，分枝頂端芽胞無色至淡綠色，分枝長可達200~400μm，胞徑可達5~11μm。A. flavus其菌絲直徑8~17 μm，分枝頂端芽胞無色至淡綠色，分枝長可達400~800μm，胞徑可達20~45μm。在組織切片下可以periodic acid-Schiff (PAS)或Gomori’s methenamine silver (GMS)染色，可呈現帶芽胞菌絲。在Sabouraud dextrose agar(SDA)、Czapek yeast agar (CYA)或potato dextrose agar (PDA)，於25∘C下可快速生長。A. fumigatus菌落在成熟期間，可見菌落中心由白色逐漸轉藍綠色，邊緣仍呈現白色菌體，菌落成熟後，菌落中心變為灰綠色。A. flavus其菌落在成熟期間，可見菌落中心由白色逐漸轉轉黃至黃綠色，邊緣仍呈現白色菌體，菌落成熟後，菌落中心變為墨綠色。
麴菌在55℃下仍可發育，而在70℃下仍可生存，在9℃下也可生長。
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線蟲症
有些線蟲在發育過程需要昆蟲、蝸牛、蛞蝓等非脊椎動物作為中間宿主；有些線蟲則不需要非脊椎動物作為中間宿主。寄生在宿主的雌性線蟲成蟲體內的蟲卵，可隨宿主排遺排出，受精蟲卵在適當的濕度與溫度下經數天至數週即可發育成具有感染性的蟲卵或幼蟲。
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絛蟲症
雞絛蟲症採糞口方式來傳播，可分為直接型與間接型，前者蟲卵隨雞糞直接排放至土壤或墊料中，雞啄食含蟲卵之糞便而得病，後者則藉昆蟲、甲蟲、蚯蚓、蝸牛等中間宿主吞食下蟲卵，雞再啄食中間宿主而感染。
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