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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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鳥鼻氣管桿菌症
ORT是一種多形性、無運動性、革蘭性陰性的桿狀細菌。在血液培養基上生長緩慢，37℃下培養24~48小時會出現針尖狀灰白色無溶血性之環狀菌落。 由世界各地區之雞和火雞分離出之菌體，經過瓊脂沉降反應(agar gel precipitation, AGP)和ELISA分析，已知ORT至少有18種血清型，然而沒有跡象顯示這些血清型有任何宿主特異性。其中似乎存在具有不同毒力的分離株，ORT菌株的來源和血清類型都與致病性無相關。雞源分離株多數屬於血清A型，火雞分離株的血清型較多，屬於血清A、B、E和D型。僅能從南非和美國的雞和火雞中分離出血清C型。
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鴨源雞桿菌感染症
本菌為革蘭氏陰性球桿菌、兼性厭氧，有兩個生物型，其中具有β溶血性的為Gallibacterium anatis biovar haemolytica，沒有溶血性的為Gallibacterium anatis biovar anatis。自然宿主包括各種禽類，目前可於雞、火雞、鵝、鴨、雉、鷓鴣、牛背鷺身上分離出此菌，其中最適合的宿主為雞。在禽類為一常在菌，可在泄殖腔及呼吸道分離出。感染途徑目前不明，有許多研究指出其可能為伺機感染。
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