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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性華氏囊病
本病之主要病變在華氏囊，其他臟器之變化依病例而異。主要可見華氏囊腫大、水腫、呈乳脂色，黏膜或漿膜可見出血亦可能見到乾酪物形成，感染後約五日逐漸萎縮。除了華氏囊之病變外，在大腿肌、翼肌及胸肌也常看見線狀或斑狀出血、腺胃黏膜增厚及出血，有些病例可見肝臟、脾臟腫大，腎臟腫大並有尿酸鹽沉積。另外，有時可見盲腸扁桃發生腫大及出血，胸腺、泄殖腔及脂肪組織偶也可見點狀或斑狀出血。
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馬立克病
馬立克病最早由病理學者 Marek 在1907年於匈牙利發表，於1967年被確認由疱疹病毒所引起。目前全世界都有馬立克病的發生，因高度接觸傳染性，一旦進入雞群可能造成極高的感染率。台灣目前病例以急性型馬立克病較多。本病於1日齡雞隻就具有感受性，最早於3週齡就可以發病，但症狀較多見於12-14週齡，發病率5-80 %，死亡率10-80 %。
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雞傳染性貧血
本病可經由水平傳播與垂直傳播。水平傳播可經由糞口途徑及呼吸道，病雞除了由糞便排毒外，亦可經由羽毛毛囊上皮排毒。垂直傳播則為母雞經水平感染或精液感染且尚未產生抗體期間，介蛋傳播給後代，直至母雞產生抗體後則停止垂直傳播，且其移行抗體可保護雛雞。本病毒亦可造成潛伏感染 (laten infection) 。
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家禽白血病
主要病原可分兩種Alcelaphine herpesvirus 1 (AlHV-1)和Ovine herpesvirus 2 (OvHV-2)，均為Gammaherpesvirinae，有封套DNA病毒，顆粒大小140~220nm。為急性、全身性的病毒性傳染病，主要發生於牛、水牛等偶蹄目及反芻動物，特徵性症狀為角膜渾濁、大量鼻分泌物、高熱、白血球減少、全身淋巴結病變、黏膜發炎至糜爛，也可在食道與氣管產生病變。可能伴隨下痢、中樞神經症狀、皮膚病變及非化膿性關節炎。除可感染許多反芻動物外，也有報告指出可感染豬。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽環狀病毒感染症
本病在水禽主要造成生長及羽毛發育障礙，並侵害宿主的淋巴網狀組織，造成淋巴組織淋巴球流失，導致免疫抑制而使宿主受繼發性感染的機會增加。此外，本病毒可能發生次臨床性的感染 (subclinical infection)，雖然對宿主造成的不良影響很小，但其可造成生長性能降低，仍會造成不小的經濟損失。
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網狀內皮增殖症
經由感染雞隻的分泌物或排泄物污染的環境進行水平傳播，也可經由介蛋傳染或人工授精傳播。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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慢性呼吸器病
Mycoplasma gallisepticum為血清型A型的家禽黴漿菌，屬於真細菌 (eubacteria)、不具細胞壁、可自行複製的最小原核生物。人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原對外界抵抗性不強，離開禽體即失去活力，對熱及紫外線敏感，在陽光直射下很快失去活力。
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家禽腎炎
本病毒為不具封套的單股RNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為28~30 nm，對乙醚、氯仿及酸具有抗性，但不耐高溫。
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火雞冠狀病毒感染症(火雞冠狀病毒性腸炎)
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為60~200 nm，表面有冠狀的棘突，長度約為12~24 nm。在50℃ 下作用1 小時以及1 M 的硫酸鎂處理無法殺滅病毒，但在4℃下經氯仿處理10 分鐘後可將病原不活化。實驗證明由美國明尼蘇達州與加拿大魁北克省所分離出的本病毒株可凝集兔子及天竺鼠的紅血球，但無法凝集牛、馬、綿羊、小鼠、鵝、猴子與雞的紅血球。以穿透式電子顯微鏡檢查火雞冠狀病毒接種感染火雞胚胎的腸管上皮細胞，可見到腸管上皮細胞質內的內質網含有帶封套的病毒顆粒。
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鳥鼻氣管桿菌症
ORT是一種多形性、無運動性、革蘭性陰性的桿狀細菌。在血液培養基上生長緩慢，37℃下培養24~48小時會出現針尖狀灰白色無溶血性之環狀菌落。 由世界各地區之雞和火雞分離出之菌體，經過瓊脂沉降反應(agar gel precipitation, AGP)和ELISA分析，已知ORT至少有18種血清型，然而沒有跡象顯示這些血清型有任何宿主特異性。其中似乎存在具有不同毒力的分離株，ORT菌株的來源和血清類型都與致病性無相關。雞源分離株多數屬於血清A型，火雞分離株的血清型較多，屬於血清A、B、E和D型。僅能從南非和美國的雞和火雞中分離出血清C型。
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丹毒
緊迫、啄羽毛、寄生蟲感染（尤其是球蟲病）、管理失當及氣候不佳等，皆可能促使發生本病。感染不同血清型，死亡率不一，同一血清型中毒力也可有很大差異。豬丹毒桿菌之毒力因子尚不明確，有研究指出與神經氨酸酶有關。所有的禽類都可以被感染，而火雞似乎最敏感。水禽的病例較為少見，病情在一個禽群中可持續數月，但每次只有一隻或少數禽隻遭受感染。
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家禽結核病
本病的病原是鳥型結核分枝桿菌(鳥型結核菌，禽分枝桿菌，M. avium)是好氧菌，不形成芽孢、無運動性的桿菌，長度約1-3μm。本菌是革蘭氏陽性菌，但是由於細胞壁富含脂質和mycolic acid，所以無法以傳統格蘭氏染色法著色。是一種具高度抵抗力的抗酸性染色桿菌，本菌可抵抗環境中高溫、寒冷、乾燥、酸鹼值的改變，很多的消毒劑皆無法殺滅，並可在土壤中存活數年之久。需藉抗酸性染色法始能觀察，乃石炭酸複紅（carbol fuchsin）經滲透過細胞壁，即使以酸性酒精也無法使其脫色，因具此特色，故稱為抗酸染色。本菌可以在25-45°C下生長，最適培養溫度是39-45°C，添加5-10%二氧化碳。有一些亞種如M. avium subsp. paratuberculosis及sylvaticum需添加mycobactin以利生長。培養基含有全蛋或是蛋黃可培養本菌，形成細小帶灰白色不連續菌落，本菌生長緩慢，需10天到3週的時間培養以形成菌落。其對熱、酸鹼及一般消毒劑抵抗力強。以5%石炭酸或陽光直接曝曬可以殺滅本菌。
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家禽披衣菌症
本病又稱鸚鵡熱（Psittacosis）或飼鳥病（Ornithosis），病原為鸚鵡披衣菌 (C. psittaci)係一種寄生在細胞內的絕對細胞內寄生菌。披衣菌亦稱壁衣體。本菌之細胞壁含有大量脂肪，因此對脂溶劑及清潔劑敏感。本菌可以血清型特異性單株抗體至少區分成 A-F、M56與WC八個血清型。目前以禽鳥 ompA 基因分型的方法，尚可多檢出E/B基因型。披衣菌在糞便/排遺中與墊料中可存活達30天，但是暴露在紫外線下三分鐘即死亡。
披衣菌可分為三個不同的形式：原生小體、網狀體和中間體。原生小體是細菌的感染形式。它是一個電子緻密的小球狀體，直徑為0.2~0.3μm。其特徵是有一個高電子緻密的類核，位於邊緣並清楚地與電子緻密的細胞質分開。在進入宿主細胞後，原生小體轉變成網狀體，它是細胞內的活性代謝形式。網狀體的直徑約0.5~2.0μm，以二分裂方式繁殖，成熟後為新的原生小體。在這個過程中，可在電子顯微鏡下觀察到直徑約為0.3~1.0μm的中間體。
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鸚鵡喙羽病
本病主要的傳播方式為水平傳播。研究中指出BFDV 可經由口腔、泄殖腔內及鼻腔內接種感染成功；鸚鵡會於排遺中排毒，鸚鵡之嗉囊灌洗液可測得病毒核酸，因此親鳥可能由餵食感染其子代，BFDV 陽性親鳥於病毒血症時期可能垂直傳染其子代。
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