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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性喉頭氣管炎
本病毒為具有封套的線性雙股 DNA 病毒，封套表面有突出的醣蛋白，直徑約195-250nm (含蛋白及封套)，僅有一種血清型。本病毒屬於親脂性的病毒，易被消毒劑不活化，離開宿主後易死亡。
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產蛋下降症
本病毒為不具封套的雙股 DNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為68-80 nm，只有一種血清型。本病毒對乙醚、氯仿及酸具有抗性，且對雞、鴨、鵝、火雞、孔雀具血球凝集性，但無法寧及哺乳類動物的血球。
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禽痘
本病毒為具有封套大型雙股 DNA 病毒，呈現磚塊狀，全長可達254-300kp，大小約為330 x 280 x 200 nm。對環境抵抗性極強，且對消毒水具有抗性。各種禽類所分離的病毒株對其宿主都具有特異性，因此又以禽類命名，如雞痘 (fowlpox virus)、火雞痘 (turkeypox virus)、鴿痘 (pigeonpox virus)、金絲雀痘 (canarypox virus)、孔雀痘 (mynahpox virus)等等。
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家禽肺病毒感染症/腫頭症候群/火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，不具HA及NA活性，因此可與其他副黏液病毒明顯區分。對大部分消毒劑敏感，於乾燥室溫下可存活七日，於低溫環境可存活更久。主要標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性感染或降低疫苗免疫效果。
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家禽腦脊髓炎
本病毒為沒有封套的單股 RNA 病毒，大小約為 20-30nm，基因長度為7,032bp。對於氯仿、酸、胰蛋白酶、胃蛋白酶和去氧核醣核酸酶具有抗性，對熱及環境抵抗性都強。對甲醛及 β -丙內酯敏感。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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傳染性可立查
本菌為革蘭氏陰性、無運動性之桿菌。本菌對外界抵抗力弱，對許多消毒劑和外在環境因素很敏感，離開宿主後便迅速不活化。本菌有A、B、C三種血清群 (serogroups)，其中又可再細分為A-1、A-2、A-3、A-4、B-1、C-1、C-2、C3及C-4九種血清型，文獻指出A-1、A-4、C-1、C-2、C3比其餘的血清型有較高的毒力，三種血清群間無交叉保護。
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慢性呼吸器病
Mycoplasma gallisepticum為血清型A型的家禽黴漿菌，屬於真細菌 (eubacteria)、不具細胞壁、可自行複製的最小原核生物。人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原對外界抵抗性不強，離開禽體即失去活力，對熱及紫外線敏感，在陽光直射下很快失去活力。
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傳染性滑膜炎
Mycoplasma synoviae為血清型S型的家禽黴漿菌，人工培養較為困難，需使用特殊培養基且培養時間長。本病原於pH 6.8以下不穩定、對39 ℃以上溫度敏感，能耐受冰凍，但濃度會降低。在室溫下，羽毛上的黴漿菌至多可存活三天，在鼻腔內可存活12小時，但在多數其他材料上存活不會超過1天。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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家禽腎炎
本病毒為不具封套的單股RNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為28~30 nm，對乙醚、氯仿及酸具有抗性，但不耐高溫。
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火雞病毒性肝炎
火雞病毒性肝炎是火雞的急性至亞急性、高傳染性但通常為次臨床的一種疾病。該病最常發生在6週齡以下的小火雞，特徵是肝炎和胰腺炎。該病在美國一些地區較為常見，比如加州。在加拿大、義大利、法國和英國也報導過此病。
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火雞冠狀病毒感染症(火雞冠狀病毒性腸炎)
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為60~200 nm，表面有冠狀的棘突，長度約為12~24 nm。在50℃ 下作用1 小時以及1 M 的硫酸鎂處理無法殺滅病毒，但在4℃下經氯仿處理10 分鐘後可將病原不活化。實驗證明由美國明尼蘇達州與加拿大魁北克省所分離出的本病毒株可凝集兔子及天竺鼠的紅血球，但無法凝集牛、馬、綿羊、小鼠、鵝、猴子與雞的紅血球。以穿透式電子顯微鏡檢查火雞冠狀病毒接種感染火雞胚胎的腸管上皮細胞，可見到腸管上皮細胞質內的內質網含有帶封套的病毒顆粒。
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