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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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產蛋下降症
本病毒為不具封套的雙股 DNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為68-80 nm，只有一種血清型。本病毒對乙醚、氯仿及酸具有抗性，且對雞、鴨、鵝、火雞、孔雀具血球凝集性，但無法寧及哺乳類動物的血球。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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葡萄球菌症
本菌主要經由皮膚傷口或受損的黏膜侵入體內而感染，而雞隻受到緊迫因子如高溫多濕、通風不良、密飼、營養不平衡或感染其他免疫抑制疾病時，也易感染本病。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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包涵體肝炎
主要經由呼吸道、消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染，也可以經介卵傳播。
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鵪鶉支氣管炎
主要經由空氣傳播為主，口、眼結膜與糞便或被汙染的環境直接接觸傳染。
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火雞鼻氣管炎
本病毒為具封套的RNA病毒，直徑約80〜200 nm之間，偶見500 nm或以上之圓形病毒顆粒。不具血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA)活性，因此可與其他副黏液病毒科之病毒區分。對大部分脂溶性消毒劑敏感，在pH3.0~9.0環境中穩定，56℃ 3分鐘可破壞病毒活性。室溫下的乾燥環境中可存活7日，於低溫環境可存活更久。主要攻擊的標的細胞為呼吸道及生殖道的上皮細胞，有些毒株會造成短暫的免疫抑制，容易繼發二次性細菌、病毒感染或降低禽隻對疫苗之免疫效果。
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火雞病毒性肝炎
火雞病毒性肝炎是火雞的急性至亞急性、高傳染性但通常為次臨床的一種疾病。該病最常發生在6週齡以下的小火雞，特徵是肝炎和胰腺炎。該病在美國一些地區較為常見，比如加州。在加拿大、義大利、法國和英國也報導過此病。
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鴨源雞桿菌感染症
本菌為革蘭氏陰性球桿菌、兼性厭氧，有兩個生物型，其中具有β溶血性的為Gallibacterium anatis biovar haemolytica，沒有溶血性的為Gallibacterium anatis biovar anatis。自然宿主包括各種禽類，目前可於雞、火雞、鵝、鴨、雉、鷓鴣、牛背鷺身上分離出此菌，其中最適合的宿主為雞。在禽類為一常在菌，可在泄殖腔及呼吸道分離出。感染途徑目前不明，有許多研究指出其可能為伺機感染。
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潰瘍性腸炎
本菌為革蘭氏陽性、絕對厭氧桿菌，呈大型桿狀，形成之菌落為白色、圓形、突起及半透明，可產生孢子，菌體長3～4μm，寬1μm，平直或稍彎，兩端鈍圓，芽孢較菌體小，位於菌體近端，人工培養時，僅少數菌體可形成芽孢。
培養本菌需要豐富營養之培養基，嚴格厭氧。其中最適合之培養基為含0.2%葡萄糖、8%無菌馬血漿和0.5%酵母萃取物的胰蛋白酶磷酸鹽瓊脂；最適生長之pH值為7.2；最適生長溫度為35～42℃。
本菌能形成芽孢，因此對外界環境有很強的抵抗力。芽孢對化學消毒劑及環境變異抵抗力很強。其生長在卵黃培養物中，在-20℃下能存活16年，70℃能存活3小時，80℃可存活1小時，而在100℃時僅能存活3分鐘。腸梭菌在厭氧條件下培養的純培養物具有極高的致病性。
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丹毒
緊迫、啄羽毛、寄生蟲感染（尤其是球蟲病）、管理失當及氣候不佳等，皆可能促使發生本病。感染不同血清型，死亡率不一，同一血清型中毒力也可有很大差異。豬丹毒桿菌之毒力因子尚不明確，有研究指出與神經氨酸酶有關。所有的禽類都可以被感染，而火雞似乎最敏感。水禽的病例較為少見，病情在一個禽群中可持續數月，但每次只有一隻或少數禽隻遭受感染。
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家禽結核病
本病的病原是鳥型結核分枝桿菌(鳥型結核菌，禽分枝桿菌，M. avium)是好氧菌，不形成芽孢、無運動性的桿菌，長度約1-3μm。本菌是革蘭氏陽性菌，但是由於細胞壁富含脂質和mycolic acid，所以無法以傳統格蘭氏染色法著色。是一種具高度抵抗力的抗酸性染色桿菌，本菌可抵抗環境中高溫、寒冷、乾燥、酸鹼值的改變，很多的消毒劑皆無法殺滅，並可在土壤中存活數年之久。需藉抗酸性染色法始能觀察，乃石炭酸複紅（carbol fuchsin）經滲透過細胞壁，即使以酸性酒精也無法使其脫色，因具此特色，故稱為抗酸染色。本菌可以在25-45°C下生長，最適培養溫度是39-45°C，添加5-10%二氧化碳。有一些亞種如M. avium subsp. paratuberculosis及sylvaticum需添加mycobactin以利生長。培養基含有全蛋或是蛋黃可培養本菌，形成細小帶灰白色不連續菌落，本菌生長緩慢，需10天到3週的時間培養以形成菌落。其對熱、酸鹼及一般消毒劑抵抗力強。以5%石炭酸或陽光直接曝曬可以殺滅本菌。
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隱胞子蟲病
感染家禽由排遺排出卵囊，污染飼料、飲水及禽舍墊料、飼養籠環境，經口食入後感染。雞在吸入或攝入環境中的卵囊後最易被感染。這種感染造成寄生蟲對泄殖腔、華氏囊和/或呼吸道侵害。卵囊在環境中的高抵抗力可能造成間接感染，卵囊對常見的消毒劑具抵抗力。少量的卵囊即足以引起腸道或呼吸道感染。感染可在禽隻間快速傳播，尤其是在平飼的飼養環境中，健康雞與排遺/糞便或呼吸道分泌物中的卵囊直接觸後而感染。由於貝氏隱胞子蟲(C. baileyi)可感染多種禽類，野禽可能是傳播媒介之一。齧齒動物（小鼠、老鼠）對火雞隱胞子蟲敏感，容易成為生物和/或機械媒介。甲蟲和昆蟲也可能是病原攜帶者。
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黑頭病
黑頭病之傳播常需要有盲腸蟲 (Heterakis gallinarum) 做為媒介，而且盲腸蟲的蟲卵及蚯蚓是病原的攜帶者。寄生於盲腸內的火雞組織滴蟲，被在同一部位共存的盲腸蟲吃下後，隨即到達盲腸蟲之腸內，穿過其腸壁而移行到卵巢，感染盲腸蟲之卵細胞並進行增殖。卵細胞內之火雞組織滴蟲，呈單核圓形其直徑為3~16μm，每個卵細胞含有一至三個火雞組織鞭毛蟲體，此卵細胞發育為蟲卵而被盲腸蟲產出，之後經由排泄至雞排遺中，通常盲腸蟲卵於夏天經十天就會發育成感染期。雞隻因為採食攝入已受含有火雞組織鞭毛蟲之盲腸蟲或蚯蚓而感染，盲腸蟲卵在胃中孵化，幼蟲經小腸到達盲腸，於盲腸中發育成為成蟲，此時在盲腸蟲內的黑頭病原蟲自盲腸蟲幼蟲游離出來，成為潛伏期中具增殖能力的鞭毛蟲，首先感染的部位是盲腸，之後再移行至肝臟。至於組織寄生階段之蟲體形狀接近圓球形且呈嗜伊紅性，不具鞭毛，位於病灶組織周圍或壞死組織中。本病亦不會經由種雞介蛋垂直傳染給小雞。
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家禽披衣菌症
本病又稱鸚鵡熱（Psittacosis）或飼鳥病（Ornithosis），病原為鸚鵡披衣菌 (C. psittaci)係一種寄生在細胞內的絕對細胞內寄生菌。披衣菌亦稱壁衣體。本菌之細胞壁含有大量脂肪，因此對脂溶劑及清潔劑敏感。本菌可以血清型特異性單株抗體至少區分成 A-F、M56與WC八個血清型。目前以禽鳥 ompA 基因分型的方法，尚可多檢出E/B基因型。披衣菌在糞便/排遺中與墊料中可存活達30天，但是暴露在紫外線下三分鐘即死亡。
披衣菌可分為三個不同的形式：原生小體、網狀體和中間體。原生小體是細菌的感染形式。它是一個電子緻密的小球狀體，直徑為0.2~0.3μm。其特徵是有一個高電子緻密的類核，位於邊緣並清楚地與電子緻密的細胞質分開。在進入宿主細胞後，原生小體轉變成網狀體，它是細胞內的活性代謝形式。網狀體的直徑約0.5~2.0μm，以二分裂方式繁殖，成熟後為新的原生小體。在這個過程中，可在電子顯微鏡下觀察到直徑約為0.3~1.0μm的中間體。
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線蟲症
有些線蟲在發育過程需要昆蟲、蝸牛、蛞蝓等非脊椎動物作為中間宿主；有些線蟲則不需要非脊椎動物作為中間宿主。寄生在宿主的雌性線蟲成蟲體內的蟲卵，可隨宿主排遺排出，受精蟲卵在適當的濕度與溫度下經數天至數週即可發育成具有感染性的蟲卵或幼蟲。
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維生素A、D3缺乏症
維生素A對光、紫外線及氧很敏感，很容易受破壞；所以飼料添加商品都外覆有澱粉，內含有明膠作為保護基質，並添加有抗氧化劑以加強其穩定性。酸、微量元素及溫度都會加速其分解。
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