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家禽流行性感冒
本病毒為具封套的RNA病毒，病毒顆粒大小約80-120 nm。病毒內部有八條片段 RNA遺傳物質，可製造10種不同的蛋白質。依據其封套表面之血球凝集素 (HA) 及神經氨酸酶 (NA) 之不同蛋白質抗原性，目前可分為17個H亞型 (H1-H17) 和9個N亞型 (N1-N9)，不同亞型的病毒株一起繁殖複製時，易發生遺傳物質交接重組而產生變異毒株。依據病毒株對家禽的致病性及危害分為高病原性禽流感及低病原性禽流感，其中引起高病原性禽流感為少部分的H5或H7亞型，其餘亞型及大部分的H5、H7亞型皆屬於低病原性。
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新城病
本病毒為單股負向具封套的RNA病毒，屬於家禽副黏液病毒 (avian paramyxoviruses；APMV)，APMV目前可分為11個血清型，即APMV-1至APMV-11，本病毒 (NDV) 為APMV-1。本病毒只有一種血清型，但不同病毒株毒力差異較大。影響臨床症狀的嚴重程度因素包括有：病毒株毒力型別、宿主種類與年齡、宿主免疫狀態、是否混和感染其他病原、環境緊迫及接觸之病毒之途徑與劑量等。感染可呈無臨床症狀感染至90 % 以上之發病率與死亡率。
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傳染性支氣管炎
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為120nm，表面有冠狀的棘突，長度約為20nm。此病毒容易變異，目前已知有30種以上的血清型，可依病變分為親呼吸道型 (Ark99、M41) 及親腎型 (Australia T、Gray、Holte、H、KB8523、TM-86)，不同血清型間無交叉反應。台灣本土菌株則可以分為TW I 和TW II 兩大群。
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傳染性華氏囊病
本病之主要病變在華氏囊，其他臟器之變化依病例而異。主要可見華氏囊腫大、水腫、呈乳脂色，黏膜或漿膜可見出血亦可能見到乾酪物形成，感染後約五日逐漸萎縮。除了華氏囊之病變外，在大腿肌、翼肌及胸肌也常看見線狀或斑狀出血、腺胃黏膜增厚及出血，有些病例可見肝臟、脾臟腫大，腎臟腫大並有尿酸鹽沉積。另外，有時可見盲腸扁桃發生腫大及出血，胸腺、泄殖腔及脂肪組織偶也可見點狀或斑狀出血。
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產蛋下降症
本病毒為不具封套的雙股 DNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為68-80 nm，只有一種血清型。本病毒對乙醚、氯仿及酸具有抗性，且對雞、鴨、鵝、火雞、孔雀具血球凝集性，但無法寧及哺乳類動物的血球。
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鴨病毒性腸炎/鴨瘟
本病毒為具有封套的雙股DNA病毒，核殼為球形，直徑約為120-200 nm。可在細胞核內增殖，形成嗜酸性核內包涵體。對環境抵抗性低。不會造成血球凝集反應。
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水禽小病毒感染症
小病毒為沒有封套的單股 DNA 病毒，為二十面體結構，直徑約為20-22 nm。對大部分化學物質、熱或物理消毒方法具有抗性，但使用甲醛可以輕易地使其失去活性。
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水禽環狀病毒感染症
本病在水禽主要造成生長及羽毛發育障礙，並侵害宿主的淋巴網狀組織，造成淋巴組織淋巴球流失，導致免疫抑制而使宿主受繼發性感染的機會增加。此外，本病毒可能發生次臨床性的感染 (subclinical infection)，雖然對宿主造成的不良影響很小，但其可造成生長性能降低，仍會造成不小的經濟損失。
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大腸桿菌症
本病是由致病性家禽大腸桿菌 (avian pathogenic Escherichia coli；APEC) 所引起的局部或全身性的原發或繼發感染，包括有大腸桿菌性敗血症 (colisepticemia)、出血性敗血症、大腸桿菌性肉芽腫 (coligranuloma；Hjarre氏病)、氣囊病 (CCRD)、腫頭症候群、性器官大腸桿菌病 (venereal colibacillosis)、大腸桿菌性蜂窩性組織炎、腹膜炎、輸卵管炎、睾丸炎、骨髓炎/滑膜炎 (包括火雞骨髓炎複合症)、全眼球炎、臍帶炎/卵黃囊感染及腸炎。
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家禽霍亂
本病原可藉由家禽口腔、鼻腔、結膜和傷口侵入感染。帶菌禽之分泌物和屍體為主要傳染源，另外亦可經老鼠、空氣、飼料及水傳，但不會介蛋傳播。
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雛白痢
本菌為無運動性的 D 群沙門氏菌，為革蘭氏陰性，無芽孢生成，兼性厭氧，可產生內毒素，大小約為0.3-1.5 X1.0-2.5 um。適合生長在 bismuth sulfate 和 MacConkey agar 上，菌落型態呈現小而平滑、灰白色具光澤的外觀。本菌對環境抵抗力強，但對熱及消毒劑敏感。
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家禽傷寒
主要經由食入被汙染的飼料及飲水所引起，生病雞隻之排泄物、蛋及羽毛皆含有大量細菌。也會因蛋殼汙染而傳播。
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家禽副傷寒
沙門氏菌屬於腸內桿菌科，包含兩個主要的種，其中 Salmonella enterica 又分為6個亞種，其中只有 Salmonella enterica subspecies enterica (有超過2500種血清型) 會造成溫血動物的疾病。沙門氏菌為長形、不會產生芽孢的桿菌，為革蘭氏陰性，長度約為0.7-1.5 × 2.0–5.0 μm，多數具有鞭毛及運動性，會產生內毒素。屬於兼性厭氧菌，理想生長溫度為37 ˚C，對生長環境的要求較低。
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傳染性可立查
本菌為革蘭氏陰性、無運動性之桿菌。本菌對外界抵抗力弱，對許多消毒劑和外在環境因素很敏感，離開宿主後便迅速不活化。本菌有A、B、C三種血清群 (serogroups)，其中又可再細分為A-1、A-2、A-3、A-4、B-1、C-1、C-2、C3及C-4九種血清型，文獻指出A-1、A-4、C-1、C-2、C3比其餘的血清型有較高的毒力，三種血清群間無交叉保護。
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傳染性漿膜炎/雷氏桿菌症
雷氏桿菌為革蘭氏陰性、不具運動性、不產生芽孢之桿菌，鏡檢下可呈雙極濃染，oxidase及catalase 陽性，血清型眾多，目前至少有21種血清型，且各血清型間幾乎無交叉保護力。台灣流行之血清型主要為第1、2、6及10血清型。
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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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火雞出血性腸炎
主要經由消化道，口、眼結膜與排遺或被汙染的環境直接接觸傳染。
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家禽腎炎
本病毒為不具封套的單股RNA 病毒，呈二十面體結構，直徑約為28~30 nm，對乙醚、氯仿及酸具有抗性，但不耐高溫。
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火雞冠狀病毒感染症(火雞冠狀病毒性腸炎)
此病毒為具有封套的單股正股 RNA 病毒，呈現圓形或多形性，直徑約為60~200 nm，表面有冠狀的棘突，長度約為12~24 nm。在50℃ 下作用1 小時以及1 M 的硫酸鎂處理無法殺滅病毒，但在4℃下經氯仿處理10 分鐘後可將病原不活化。實驗證明由美國明尼蘇達州與加拿大魁北克省所分離出的本病毒株可凝集兔子及天竺鼠的紅血球，但無法凝集牛、馬、綿羊、小鼠、鵝、猴子與雞的紅血球。以穿透式電子顯微鏡檢查火雞冠狀病毒接種感染火雞胚胎的腸管上皮細胞，可見到腸管上皮細胞質內的內質網含有帶封套的病毒顆粒。
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輪狀病毒感染症
本病毒為不具封套的雙股含11個雙鏈RNA病毒，血清型與病原型 (pathotype) 眾多，對熱具抵抗性，於低溫下亦可長期存活；目前有7個確認的血清群（A-G血清群），除了禽類中的A、D、F和G群，此外還有一種潛在的新輪狀病毒，即H群。新的輪狀病毒已從許多禽類中分離出來，包括鴨子、火雞、雞、雉雞、鴿子和各種野禽。廣泛分佈於全世界。
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