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球蟲症
球蟲屬於原蟲，為可以獨立生存的單細胞動物。其種類鑑別可依型態、大小、卵蓋、 顏色、對腸道不同部位之親和性、感染史及引起宿主的免疫反應而有所區分。球蟲卵囊對多種消毒劑具有抗性，但對溫度敏感，太高溫及太低溫都可使卵囊停止發育或死亡。
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壞死性腸炎
本病由感染產氣莢膜梭菌(Clostridium perfringens)製造的毒素所引起。一般在土壤、淡水及正常禽類的腸道和家禽的排遺中可發現產氣莢膜梭菌，所以不認為壞死性腸炎本身是一種傳染性疾病。產氣莢膜芽胞梭菌本為禽類腸道的常在菌叢之一，與複雜的其它菌叢生態共同組成腸道的環境。產氣莢膜梭菌可見於健康家禽的小腸部位，但是並不會致病。通常需要一項或更多之危險因子才會使本菌侵入宿主並存活，這些因子包括不清潔的環境、批次間之污染去除不完全、維生素E及硒缺乏、其他疾病(例如包涵體肝炎、傳染性華氏囊病)、雞隻日齡(與免疫和抵抗力有關)、腸粘膜之障礙(例如球蟲病及其他感染症、飼料) 、腸蠕動降低(飼料、感染症)、腸內菌叢的變化(磺胺劑、抗生素藥劑之使用、飼料添加物)、抗病力低落(環境、營養、緊迫、育種改良、感染病) 、當小腸內環境的條件發生變化時，產氣莢膜梭菌數量會增加，會產生過量毒素導致疾病發生。雞隻體內若具有高毒力或含有高菌量的梭菌菌株則會造成嚴重的感染。
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線蟲症
有些線蟲在發育過程需要昆蟲、蝸牛、蛞蝓等非脊椎動物作為中間宿主；有些線蟲則不需要非脊椎動物作為中間宿主。寄生在宿主的雌性線蟲成蟲體內的蟲卵，可隨宿主排遺排出，受精蟲卵在適當的濕度與溫度下經數天至數週即可發育成具有感染性的蟲卵或幼蟲。
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絛蟲症
雞絛蟲症採糞口方式來傳播，可分為直接型與間接型，前者蟲卵隨雞糞直接排放至土壤或墊料中，雞啄食含蟲卵之糞便而得病，後者則藉昆蟲、甲蟲、蚯蚓、蝸牛等中間宿主吞食下蟲卵，雞再啄食中間宿主而感染。
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黴菌毒素
黃麴菌毒素 (Aflatoxin) 係由黃麴菌 (Asperigillus flavus) 及 A. parasiticus，Aspergillus nomius 或Penicillium puberulum等所產生的毒素，也是分布最廣、最為人所熟知之毒素，在花生(groundnut)、棉籽( cottonseed)、椰籽(copra)、棕櫚籽(palm kernels)、玉米(maize)、高粱(sorghum)、小麥(wheat)、大麥(barley)、裸麥(rye)都曾有污染之報告。
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